Embora secreta, a Organização é normalmente contactada por cidades ou vilas (ou vice-versa) atacadas por Youmas, e esta, em resposta, despacha um número apropriado de Claymores para eliminar o(s) alvo(os). Sendo a missão bem sucedida, a organização manda um agente trajado de preto para coletar a enorme gratificação pelos seus serviços. Uma cidade que não pagar a organização não receberá mais assistência da tal, e ficará a mercê dos Youmas. É insinuado em alguns lugares que a própria Organização informa aos Youmas que tal cidade não está mais sob a proteção dos Claymores. A Organização é exigente e severa quanto a atuação de suas guerreiras; híbridos que quebrarem as regras (por exemplo, matar um humano, mesmo que acidentalmente ou para proteger outros) serão caçados pelos seus companheiros. Claymores que causarem problemas ou que criam suspeitas de estar na beira do "Despertar" são enviadas a missões suicidas sem o seu conhecimento.
ATENÇÃO: Este trecho relata partes importantes do enredo (Spoiler). Não o leia caso não queira ficar ciente de acontecimentos/fatos cruciais antecipadamente.
Mais adiante é dado a entender a verdadeira intenção da Organização. As guerreiras híbridas vivem em uma ilha que é um laboratório utilizado para desenvolver poderosos guerreiros capazes de controlar seus poderes de Youma. Todavia, as híbridas, assim como as populações de humanos, Youmas e até mesmo os Kakuseishas pensam que esse tal "continente" é tudo o que existe, sendo que é apenas uma pequena porção de terra comparado ao verdadeiro grande continente.
Nesse grande continente há dois povos em guerra. Um deles aliou-se ao clã dos dragões, monstros enormes, mas inteligentes e cooperativos, resultando numa enorme vantagem sobre a outra. Esta, por sua vez, contra-atacou criando os Youmas, monstros matadores de homens, porém incontroláveis. Mais adiante criou os primeiros híbridos do sexo masculino que podiam lutar contra os chamados dragões, mas perdiam o controle facilmente e não diferenciavam amigos de inimigos. Eram então levados até o meio das tropas inimigas onde despertavam e lutavam até a morte.
Contudo, esse despertar era algo difícil de se controlar e vários acidentes aconteciam. Pesquisas revelaram que as mulheres tinham um maior controle sobre o seu despertar, então tentaram criar guerreiras que seriam poderosas sem a necessidade de despertar na ilha onde a história se passa, onde também foram feitos seus últimos guerreiros masculinos que falharam ao controlar o despertar. Guerreiras como a Clare e suas companheiras que caíram no norte tem a habilidade de reverter a transformação em Kakuseisha, mesmo que dificilmente. Ao perceber isso, um espião do exército inimigo infiltrado na Organização as fazia irem para missões suicidas na esperança dessas mais habilidosas desaparecerem. Porém, ele passa as ver com uma certa simpatia ao perceber que elas estão contra a Organização por razões que ele mesmo ajudou a criar.
Os humanos nessa ilha são mero alimento aos Youmas e Kakuseishas experimentais, e esses inimigos que a própria Organização criou junto as suas guerreiras que despertaram servem apenas para testar as habilidades delas. A Organização finalmente terminou seu projeto Alicia, uma guerreira que pode se transformar completamente em Kakuseisha e não perder o controle com a ajuda de sua irmã gêmea Beth que controla seu youki. Agora a Organização finalmente estaria pronta para enfrentar o clã dos dragões, mas tem que enfrentar ao mesmo tempo os seres que ela mesma criou e as guerreiras que a traiu.